ハードディスクを破棄するとき、Windowsであればフリーのソフトや市販のソフトなどがあります。
Linuxではshredというコマンドを使います。
まず消去したいハードディスクを接続して、デバイス名を確認します。
接続の前後で比較すれば後で接続したハードディスクのデバイス名がわかります。
# fdisk -l
確認したデバイス名が/dev/sdcだったとすると
# shred -z -v /dev/sdc
で、ランダムな書き込みを3回(デフォルト値)行なった後、最後に0で上書き(-z オプション)します。
-v オプションを付けた場合は進行状況を表示します。
回数を指定したい場合は、-n 回数を指定し
# shred -n 5 -z -v /dev/sdc
のようにすればよいです。